Андрій Вікторович має тренерську ліцензію UEFA категорії “А”.
Свого часу очолював такі команди:
2013-2014 ПФК “Суми” (перша ліга)
2015-2016 “Барса” (Суми) (друга ліга)
2016-2017 “Інгулець-2” (Петрове) (друга ліга)
2014-2015 році працював тренером-консультантом у криворізькому “Гірнику”.
З січня 2018 року працював помічником головного тренера першолігового МФК “Миколаїв” Руслана Забранського.
У херсонському “Кристалі” Андрій Кононенко займатиме посаду тренера та разом з Сергієм Шевцовим будуватиме тренувальний процес кристалівців.